Tiền thân của Bảo tàng Lịch sử Thừa Thiên Huế là Bảo tàng Bình Trị Thiên, được thành lập vào tháng 8 năm 1976 từ việc chuyển giao cơ sở vật chất, tư liệu hiện vật và cán bộ của Bảo tàng Quân khu Trị Thiên Huế, cán bộ nhà truyền thống tỉnh Quảng Bình (cũ) cho tỉnh Bình Trị Thiên. Trải qua quá trình hình thành và phát triển, Bảo tàng đã có nhiều tên gọi khác nhau: Bảo tàng tỉnh Bình Trị Thiên (1976), Bảo tàng Tổng hợp Thừa Thiên Huế (1989), Bảo tàng Lịch sử và Cách mạng (2005) và Bảo tàng Lịch sử Thừa Thiên Huế theo Quyết định số 1564/QĐ-UBND ngày 08 tháng 7 năm 2016 của Ủy ban nhân dân tỉnh Thừa Thiên Huế cho đến nay.

Bảo tàng Lịch sử Thừa Thiên Huế đang sử dụng Di tích Quốc Tử Giám tại số 01 đường 23 tháng 8, phường Thuận Thành, thành phố Huế 

- Hiện nay, Bảo tàng Lịch sử Thừa Thiên Huế đang sử dụng Di tích Quốc Tử Giám tại số 01 đường 23 tháng 8, phường Thuận Thành, thành phố Huế làm trụ trở làm việc. Hệ thống trưng bày gồm 03 phần:

1. Phần trưng bày “Phong trào đấu tranh cách mạng và cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp ở Thừa Thiên Huế, giai đoạn 1930-1954”.

2. Phần trưng bày “Cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước ở Thừa Thiên Huế giai đoạn 1954-1975”.

3. Phần trưng bày các hiện vật thể khối lớn (đã di dời lên địa chỉ số 268 Điện Biên Phủ, thành phố Huế)

Ngoài ra, Bảo tàng còn trưng bày tại 04 di tích: Nhà lưu niệm đồng chí Nguyễn Chí Diểu ở xã Phú Mậu, thành phố Huế; Di tích Phan Bội Châu ở phường Trường An; Di tích xứ ủy Trung kỳ ở 114 Phan Đăng Lưu và Khu Chứng tích lịch sử Chín Hầm và nhà Ngô Đình Cẩn ở phường An Tây, thành phố Huế. Bên cạnh đó, Bảo tàng còn có hệ thống kho kiểm kê, bảo quản với trên 30 ngàn tư liệu, hiện vật và nhiều bộ sưu tập có giá trị.