Hệ thống Đầm phá:

- Hệ đầm phá Tam Giang-Cầu Hai trải dài 68 km thuộc địa phận năm huyện, thị: Thị xã Phong Điền, Quảng Điền, Hương Trà, Phú Vang, và Phú Lộc với diện tích 22.000 ha.

- Về mặt địa lý khu đầm này là bốn đầm nối nhau từ Bắc xuống Nam: Phá Tam Giang; Đầm Sam; Đầm Hà Trung-Thủy Tú; Đầm Cầu Hai.

- Phá Tam Giang chạy dài khoảng 27 km bắt đầu từ cửa sông Ô Lâu đến cửa sông Hương với diện tích 5.200 ha. Phá thông với biển bằng mỗi cửa Thuận An.

- Đầm Sam nhỏ hơn với diện tích 1.620 ha, không thông ra biển.

- Đầm Hà Trung-Thủy Tú dài và hẹp với diện tích 3.600 ha cũng là đầm kín không thông ra biển.

- Đầm Cầu Hai lớn nhất với diện tích 11.200 ha. Cửa Tư Hiền thông đầm Cầu Hai với biển.

Hệ thống sông ngòi:

Tổng chiều dài sông suối và sông đào đạt tới 1.055km, tổng diện tích lưu vực tới 4.195km². Mật độ sông suối dao động trong khoảng 0,3-1km/km², có nơi tới 1,5-2,5 km/km².

Trên lãnh thổ thành phố Huế từ Bắc vào Nam gặp các sông chính sau:

- Sông Ô Lâu

- Hệ thống Sông Hương

- Sông Nong

- Sông Truồi

- Sông Cầu Hai

- Sông Bù Lu

Trong đó sông Hương là con sông lớn nhất, có hai nguồn chính và đều bắt nguồn từ dãy núi Trường Sơn. Dòng chính của Tả Trạch dài khoảng 67 km, bắt nguồn từ dãy Trường Sơn Đông, ven khu vực vườn quốc gia Bạch Mã chảy theo hướng tây bắc với 55 thác nước hùng vĩ, qua thị trấn Nam Đông rồi sau đó hợp lưu với dòng Hữu Trạch tại ngã ba Bằng Lãng (khoảng 3 km về phía bắc khu vực lăng Minh Mạng). Hữu Trạch dài khoảng 60 km là nhánh phụ, chảy theo hướng bắc, qua 14 thác nguy hiểm và vượt qua phà Tuần để tới ngã ba Bằng Lãng, nơi hai dòng này gặp nhau và tạo nên sông Hương.Từ Bằng Lãng đến cửa sông Thuận An, sông Hương dài 33 km và chảy rất chậm (bởi vì mực nước sông không cao hơn mấy so với mực nước biển).

Ngoài các sông thiên nhiên, xung quanh thành phố Huế còn gặp nhiều sông đào như:

- Sông An Cựu (có tên là Lợi Nông) dài 27km nối sông Hương với đầm Cầu Hai ở Cống Quan thông qua sông Đại Giang;

- Sông Đông Ba dài khoảng 3km là sông đào từ cầu Gia Hội đến Bao Vinh;

- Sông Kẻ Vạn dài 5,5km nối sông Hương (cầu Bạch Hổ) với sông Bạch Yến và sông An Hòa, vòng ngoài kinh thành Huế rồi lại đổ vào sông Hương ở Bao Vinh.

Trên đồng bằng duyên hải còn có hói Bảy Xã, hói Hàng Tổng nối sông Hương với sông Bồ, hói Phát Lát, hói Như Ý, hói Chợ Mai.