Năm 1695, nhà sư Trung Quốc là Thích Đại Sán được chúa Nguyễn Phúc Chu mời đến Phú Xuân đã từng lưu trú tại chùa Thiên Mụ, trong tập Hải ngoại kỷ sự, nhà sư đã mô tả: “Ra đến chùa Thiên Mụ, chùa này tức Vương phủ ngày xưa, chung quanh có trồng nhiều cổ thụ, tấp nập sớm chiều qua lại” .[1]

24 năm sau (1719), Nguyễn Khoa Chiêm viết Nam triều công nghiệp diễn chí đã thuật lại chuyện chúa Nguyễn Hoàng đến chùa Thiên Mụ, nghe dân địa phương kể về chuyện bà tiên: “trông còn trẻ, nhưng mày tóc bạc phơ, mình vận áo đỏ quần xanh ngồi dưới chân núi kêu gào than vãn”, “Đời sau nếu có bậc quốc chủ muốn bồi đắp mạch núi để làm mạch cho Nam triều, thì nên lập chùa thờ Phật”. Từ đó Nguyễn Hoàng “sai người cất dựng chùa Phật, viết biển đề chữ “Thiên Mụ Tự” [2]. Truyền thuyết Nguyễn Hoàng cho xây dựng chùa Thiên Mụ năm 1601 đã huyền thoại hóa vị thế một ngôi chùa thông thường trở thành nơi tụ linh khí, mở đầu cho cơ nghiệp các chúa Nguyễn.

Thế nhưng, từ đợt đại trùng tu 1714 của chúa Nguyễn Phúc Chu đến năm 1775, lúc chúa Nguyễn Phúc Thuần bị quân Trịnh đánh bại, chùa Thiên Mụ không hề được sửa chữa, mặc dù thời kỳ này chúa Nguyễn đã đưa bài vị bảy đời của nhà chúa vào thờ trong chùa. Khi quân Trịnh chiếm đóng Phú Xuân, chùa ngày càng tàn tạ. Trong một lần lên xem cảnh chùa Thiên Mụ, Bùi Huy Bích, một đại thần của vua Lê chúa Trịnh đã chứng kiến “bài vị bảy đời của nhà Nguyễn vẫn còn tàn lạnh nằm đây, ngàn gian nhà của chư tăng ngói đã sụt mất hết nửa phần”.

“Nguyễn gia thất thế bài không tại

Tăng xá thiên gian ngõa bán linh”

Đến triều Tây Sơn, chùa Thiên Mụ lại bị triệt bỏ một phần để đắp thành đàn tế Xã Tắc của vua Cảnh Thịnh. Trong lời dẫn của bài thơ “Phỏng Thiên Mụ Tự chi tác”, Phan Huy Ích, một đại thần của Tây Sơn đã viết:

“Chùa Thiên Mụ... là cảnh đẹp bậc nhất của thiền lâm ở chốn Nam Hà. Mùa đông năm Bính Thìn (1796), Huy Ích tôi vâng mệnh đi công cán ở Phú Xuân. Từng qua vãn cảnh thăm chùa. Trước năm này quan quân đã triệt bỏ các điện chùa cũ. Mùa xuân đã đem chiếc khánh quý để vào trong điện; nền chùa còn lại thì san đi để đắp thành đàn cúng tế. Ngày hạ chí vua ngự ra tế thần đất. Thấy còn lại một tòa Phật đường làm nơi vua ngự. Ngoài ra nào viện, nào am đều đổ nát không còn gì... Chỉ còn tấm bia đá rêu phong đứng sừng sững bên đường cái với những người tiều phu kiếm củi qua lại nơi đây. Huy Ích tôi ngẫu nhiên lại thăm chốn cũ, bùi ngùi xúc cảm”.

Đến triều Nguyễn, năm 1815, vua Gia Long đã cho dựng lại chùa Thiên Mụ. Trước chùa dựng cửa tam quan, trên cửa có lầu, bên trái là lầu chuông, bên phải lầu trống, ngoài cửa chùa xây hai ngôi nhà lục giác bao che chiếc đại hồng chung và bia lớn thời chúa Nguyễn Phúc Chu, quanh chùa xây tường gạch có trổ 8 cửa. Chính giữa chùa là điện Đại Hùng, sau lưng là điện Di Lặc và điện Quan Âm. Trước sân điện Đại Hùng, ở hai bên có hai nhà Lôi Gia, phía Đông và Tây có điện Thập Vương. Quy mô sửa chữa lần này đều tập trung vào phía sau chùa, đến nay trừ hai điện Thập Vương và điện Di Lặc không còn, các công trình khác về cơ bản vẫn đang tồn tại.

Năm 1844, vua Thiệu Trị cho xây dựng thêm một số công trình phía trước tam quan chùa, nổi bật là dựng tháp Phước Duyên cao 21m để thờ “Quá khứ thất Phật”. Trước tháp lại dựng đình Hương Nguyện, hai bên đình xây thêm hai bi đình dạng lục giác, bi đình bên phải dựng tấm bia khắc những bài thơ ngự chế của vua Thiệu Trị, bị đình bên trái dựng bia nói về việc xây tháp Phước Duyên, ba mặt trước cửa tam quan được xây thêm một vòng thành thấp, gắn gạch hoa tráng men đúc rỗng, mặt trước dựng bốn trụ hoa biểu cao 7,7m trên 2 bậc thềm, bậc dưới 7 bậc cấp, bậc trên 49 bậc cấp.

Dưới thời Tự Đức, vua đã hai lần cho tu bổ chùa vào các năm 1871, 1879, nhưng từ trước đó, do không có con nối dõi, để tỏ lòng tôn kính trời đất, năm 1862, vua xuống lệnh cấm dùng hai chữ Thiên Địa, chùa Thiên Mụ được vua cho đổi thành "Linh Mụ”, đến nay ba chữ “Linh Mụ Tự” trên bức hoành bằng gỗ sơn son thếp vàng vẫn còn treo trước nghi môn cửa chính đi vào chùa Thiên Mụ.

Vào thời Thành Thái, nhân lễ mừng thọ Cửu tuần đại khánh (90 tuổi) của Thái hoàng Thái hậu Từ Dũ, vua đã cho tu bổ tháp và dựng bia kỷ niệm.

Năm 1904, trận bão năm Thìn đã làm sập đình Hương Nguyện, ba năm sau chùa được trùng tu, đến năm 1920, vua Khải Định đã cho dựng sau tháp Phước Duyên tấm bia khắc bài thơ ngự chế ca ngợi cảnh đẹp của chùa.

Năm 1957, chùa Thiên Mụ lại được tu bổ, nhưng đáng tiếc là ngôi điện Đại Hùng đã bị thay lại hệ thống kiến trúc gỗ bằng bê-tông giả gỗ. Gần đây, khi Hòa thượng Thích Đôn Hậu, vị Trú trì chùa Thiên Mụ mất, các đệ tử đã xây dựng bảo tháp của hòa thượng ở khu vực sau chùa, quy mô tháp bề thế với cảnh quan sân vườn trang nhã. Từ 2003 - C2007, tổng thể kiến trúc chùa Thiên Mụ đã được đại trùng tu, cột bê-tông ở điện Đại Hùng được thay lại bằng gỗ, những chi tiết trang trí bằng pháp lam ở tháp được phục hồi, ngôi đình Hương Nguyện dựng trên nền điện Di Lặc cũ đã được tu sửa, làm nổi bật các chi tiết trần gỗ trang trí “Thái cực - Lưỡng nghi - Tứ tượng - Bát quái” và 56 bài thơ khảm nổi độc đáo ở các liên ba của điện.

Có thể nói, chùa Thiên Mụ là ngôi quốc tự lớn nhất dưới thời chúa Nguyễn và triều Nguyễn, với kiến trúc cổ kính, uy nghiêm, cảnh trí thơ mộng, hùng vĩ, đang lưu giữ nhiều bảo vật độc đáo, xứng đáng là một danh lam đã được UNESCO xếp hạng là Di sản Văn hóa thế giới.