Chùa Báo Quốc nằm trên đồi Hàm Long, phía Tây đường Điện Biên Phủ (đường Nam Giao cũ). Ban đầu, chùa chỉ là một thảo am, do Giác Phong Lão tổ khai sơn vào cuối thế kỷ XVII, khi trở thành chùa có tên lấy theo tên núi là Hàm Long Thiên Thọ Tự (gọi tắt là chùa Hàm Long). Năm 1747, chúa Nguyễn Phúc Khoát cho mở rộng quy mô và ban tên là Báo Quốc Tự. Từ 1786, chùa bị triều Tây Sơn sung công, dùng làm kho diêm tiêu, thuốc súng và xưởng rèn binh khí. Sau ngày khôi phục Phú Xuân, năm 1807, mẹ vua Gia Long đứng ra tái thiết chùa, xây lại chính điện, cổng tam quan, đúc đại hồng chung và đổi tên thành chùa Thiên Thọ. Năm 1825, vua Minh Mạng cho khôi phục lại tên chùa Báo Quốc, nhân dịp Tứ tuần đại khánh, vua ban lệnh triệu tập chư tăng cả nước về chùa Báo Quốc để sát hạch. Năm 1938, trong phong trào chấn hưng Phật giáo, chùa đã thực hiện việc cải cách hệ thống thờ tự. Năm 1948, An Nam Phật học hội lại mở Sơn môn Phật học đường tại chùa Báo Quốc để đào tạo tăng tài. 

Khuôn viên chùa rộng khoảng 8.000m2, bên trong chiếc cổng cổ và la thành là vườn chùa rộng với cây cối thâm u tĩnh lặng, có tháp Tổ Giác Phong xây năm 1715, tháp sư Tâm Truyền xây năm 1908 và nhóm 5 tháp dời về trong dịp làm đường Nam Giao năm 1897. Kiến trúc chùa xếp theo hình chữ khẩu truyền thống. Sau tiền đường là Đại Hùng bảo điện thờ Tam thế Phật, nhà hậu tổ thờ bình tro Tổ Giác Phong, đông liêu, tây liêu là nơi ở của tăng sĩ. Chùa còn lưu giữ bức hoành “Sắc tứ Bảo Quốc Tự” với lạc khoản “Từ Tế đạo nhân (Nguyễn Phúc Khoát) ngự đề - Cảnh Hưng bát niên (1747) ngũ nguyệt cát nhật” và quả đại hồng chung do mẹ vua Gia Long cho đúc năm 1808.