Chùa Thuyền Tôn tọa lạc tại phường An Tây, thành phố Huế. Thuyền Tôn là tên gọi thông dụng của ngôi chùa cách Huế 7km, theo đường Nam Giao đi lên. Tên chính thức của chùa là Thiên Thai Thiền Tông Tự, còn gọi là Thiên Thai Nội để phân biệt với chùa Thiên Thai Ngoại trên ngọn đồi Nam Giao. Đây là ngôi chùa Tổ đình do nhà sư Liễu Quán khai sơn trong khoảng từ 1712 - 1722. Ngoài nơi tu học ở chùa Viên Thông, sư Liễu Quán cũng còn an trú tại chùa Thuyền Tôn. Sau này, chùa Thuyền Tôn là nơi trú trì của Đại lão hòa thượng Thích Giác Nhiên, Tăng thống Giáo hội Phật giáo Việt Nam thống nhất ở miền Nam đầu thập niên 1970. Mộ tháp của nhà sư Liễu Quán cũng được lập ở chân núi, trong vùng rừng thông gần chùa Thuyền Tôn với ngôi tháp Vô Lượng 7 tầng mái và tấm bia cổ cao 1,4m, diềm chạm mặt trời, rồng cách điệu và hoa lá. Chung quanh có la thành bao bọc, cổng vào khắc dòng chữ “Đàm hoa lạc khứ hữu dư hương” (Hoa đàm rụng hết vẫn còn thơm).
Chùa được trùng tu lần đầu năm 1746, được mở rộng, đúc thêm đại hồng chung, nhưng lại bị hư hỏng trong thời kỳ quân chúa Trịnh chiếm đóng (1775 - 1786), bị tàn phá đầu thời Tây Sơn, năm 1790 lại được Hoàng đệ Thái tể Nguyễn Quang Thùy (con trai Nguyễn Huệ) trùng tu. Sau ngày vua Gia Long phục quốc, chùa được hai vị công chúa ủng hộ trùng tu, làm lại tiền đường và chính điện.
Khuôn viên chùa rộng khoảng 30.000m2, nằm giữa vùng đồi núi tĩnh lặng. Cổng chùa là bốn trụ lớn, sân chùa rợp bóng cây bồ đề cổ thụ. Chính điện thờ Phật ở gian giữa, gian tả tiền đường thờ thánh, gian hữu đặt quả đại hồng chung “Cảnh Hưng bát niên” (1747). Liêu phía Đông đặt phương trượng của cố Tăng thống Thích Giác Nhiên, liêu phía Tây là nơi tiếp khách và phòng vị giám tự. Nhà sau thờ tổ, sau cùng là nhà tăng ở phía Tây, nhà khách, nhà ăn ở phía Đông.
Tổ đình Thuyền Tôn còn lưu giữ một số di vật cổ và nhiều tư liệu văn bản Hán Nôm quý.