Người Huế không chỉ coi trọng việc chế biến món ăn ngon, đẹp mắt, mà còn chú trọng đến các yếu tố y lý cổ truyền, cụ thể là những vị thuốc trong món ăn, bởi với điều kiện khí hậu khắc nghiệt “mưa dầm nắng gắt” như xứ Huế, thì việc kết hợp cây thuốc, vị thuốc trong món ăn hằng ngày là một trong những cách phòng bệnh hữu hiệu, có tính thường xuyên. Vì vậy, không chỉ món ăn cung đình, món ăn quý tộc mà món ăn dân gian cũng đều hàm chứa chức năng y học.
Một số nhà nghiên cứu (cụ thể là bác sĩ Đoàn Văn Quýnh trong bài viết “ Cây thuốc và vị thuốc trong món ăn Huế”, Tạp chí Thông tin Khoa học và Công nghệ, số 4/1996, Sở Khoa học Công nghệ và Môi trường Thừa Thiên Huế) đã phân tích rất chi tiết hệ thống những món ăn bài thuốc của người Huế, trong đó ẩm thực Huế đặc biệt chú trọng đến yếu tố ngũ hành và sự cân bằng âm dương để tạo ra được sự điều hòa ngũ tạng, phù hợp với thể trạng và môi trường sống, mà đôi lúc cũng không dễ để nhận ra chúng.
Những thứ gia vị trong món ăn Huế không chỉ để tăng thêm vị ngon của món ăn, mà đôi lúc, đó là những vị thuốc nhằm khắc chế hay cân bằng các chất trong món ăn theo nguyên lý âm dương ngũ hành (các món ăn vịt, hến, ốc… là những vị mát, cần dùng gừng là vị nóng để cân bằng. Món cá tràu, lươn, lệt có vị hàn, nên phải dùng ném để chế ngự. Món ăn Huế dùng nhiều gia vị cay để chế ngự, phòng các bệnh ngã nước, sốt rét ở vùng “Ô Châu ác địa” ngày xưa...).
Người Huế còn chú trọng một số loại rau đặc trưng có tính giải nhiệt, dễ tiêu hóa. Rau má có vị ngọt, mát, hơi đắng, có tính chất giải nhiệt, thông tiểu, chữa đau bụng. Rau sam có vị chua, nhớt, tính mát, thanh nhiệt, nhuận trường, giải độc. Rau mồng tơi có vị chua, hàn, tán nhiệt, lợi đại tiểu trường, chữa táo bón. Lá lốt có vị cay, thơm, tính ấm, chữa phong thấp, thông kinh lạc, sát trùng. Rau trai vị ngọt, tính lạnh, có tác dụng thanh nhiệt, thanh can, lợi tiểu. Rau mã đề có vị ngọt, lạnh, có tác dụng thanh nhiệt, thanh can, lợi tiểu. Đặc biệt, trong món rau thập tàng (tập tàng) phổ biến trong bữa ăn mùa nắng nóng của người Huế đã thể hiện rõ sự đa dạng về tính năng sinh học: Tính hàn (mồng tơi), tính mát (rau má, rau sam), tính ấm (lá lốt), tính bình (lá vông), tính lạnh (rau trai, mã đề), tất cả trộn lẫn vào nhau tạo nên một hỗn hợp hài hòa, có tác dụng tốt cho sức khỏe, giải nhiệt, tiêu hóa…
Đôi lúc món ăn bài thuốc của người Huế trở thành một “tiểu phẩm” vừa có tính nghệ thuật, vừa có tính dịch lý, y lý như dĩa rau sống ăn kèm với món thịt heo phay (thịt luộc), gồm ngũ vị: Vị cay của rau thơm (bạc hà), vị chua của khế, vị đắng của chuối chát, vị ngọt của vả, vị mặn của mắm ớt. Tất cả những vị này theo quan niệm của các nhà Đông y là tương ứng với ngũ tạng trong cơ thể: Tâm, can, tỳ, phế, tạng.