Bước 1: Sau khi có quyết định chủ trương đầu tư, chủ dự án phối hợp với nhà tài trợ nước ngoài lập văn kiện chương trình, dự án báo cáo cơ quan chủ quản để thẩm định;
Bước 2: Cơ quan chủ quản có văn bản gửi lấy ý kiến thẩm định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư về nguồn vốn và khả năng cân đối vốn cho chương trình, dự án (vốn ODA, vốn vay ưu đãi, vốn đối ứng), ý kiến của Bộ Tài chính về cơ chế tài chính trong nước áp dụng đối với chương trình, dự án và các cơ quan khác về những nội dung có liên quan;
Bước 3: Trên cơ sở ý kiến của các cơ quan, cơ quan chủ quản giao chủ dự án hoàn chỉnh văn kiện chương trình, dự án, lập Hồ sơ thẩm định chương trình, dự án để thẩm định;
Bước 4: Cơ quan chủ quản tổ chức thẩm định văn kiện chương trình, dự án thông qua hình thức tổ chức Hội nghị thẩm định hoặc lấy ý kiến thẩm định của các cơ quan có liên quan tùy thuộc vào quy mô, tính chất và nội dung của chương trình, dự án;
Bước 5: Căn cứ Báo cáo kết quả thẩm định, cơ quan chủ quản phê duyệt văn kiện chương trình, dự án và quyết định đầu tư chương trình, dự án.